ففى عهد الرئيس المعزول مرسى , تم استهداف الصحفيين والإعلاميين بأكثر من وسيلة , وفى مقدمتها البلاغات ضد الإعلاميين بتهمة إهانة الرئيس والسخرية من الدين الإسلامى ووصل عددها لـ 1026 بلاغا من بينهم 12 بلاغًا ضد الإعلامى باسم يوسف مقدم برنامج البرنامج وفقا لإحصائية الجبهة الوطنية للدفاع عن حرية التعبير.
وكانت الوسيلة الثانية هى الإعتداء على الصحفيين أثناء تغطيتهم للتظاهرات ,حيث تم الإعتداء على أكثر من 82 صحفيًا من قبل قوات الأمن ومؤيدى النظام السابق , ووصل الأمر للتصفية الجسدية ,كما فى حالة الحسينى أبو ضيف الذى لقى مصرعه برصاص مؤيدى النظام فى أحداث الإتحادية 6 ديسمبر 2012 .
وكذلك القبض على الصحفيين , مثل القبض على الصحفى محمد أبوالقاسم من قبل إثنين من انصار جماعة الإخوان المسلمين بتهمة الانتماء للبلاك بلوك, وفقا لقرار النائب العام السابق طلعت عبدالله بإعطاء حق الضبطية للمواطنيين فى قضية البلاك بلوك.
ثانيًا ( تعذيب النشطاء )
وفقا لتقرير مركز النديم لعلاج وتأهيل ضحايا العنف والتعذيب , شهد عهد الرئيس مرسى 359 حالة تعذيب ,من بينهم 34 حالة تم تعذيبها حتى الموت .
وحدد تقرير مركز النديم تسعة مقرات رئيسية للتعذيب فى زمن الإخوان ,لم تختلف كثيرا عن مقراته فى عهد مبارك , ولكن أضيف إليها مقرات جديدة ,حيث يتم التعذيب أثناء إعتقال النشطاء من المنازل وأثناء الإعتقال من الشوارع , وفى أقسام الشرطة والسجون كما كان الأمر فى عهد مبارك , إلا أن الإخوان المسلمين أضافوا مقرات مستحدثة للتعذيب تمثلت فى التعذيب داخل دار القضاء العالى وداخل مقر الأمن الوطنى وداخل معسكرات الأمن المركزى وأمام قصر الرئاسة ,وأمام مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين بالمقطم,ويتم التعذيب من قبل رجال الشرطة أو من قبل أعضاء بجماعة الإخوان المسلمين .
ثالثًا ( حبس النشطاء )
فى عهد الرئيس المعزول مرسى , تعرض عدد كبير من النشطاء للقمع والحبس بتهم متعددة أبرزها إهانة الرئيس وتهديد السلم العام ,وفى مقدمة هذه القضايا حبس الناشط أحمد دومة بتهمة إهانة الرئيس , وحبس الناشط السكندرى حسن مصطفى بتهمة الإعتداء على وكيل نيابة .
ذلك بالإضافة إلى القبض على عدد من المتظاهرين من ميادين التظاهر فى التحرير أو الإتحادية وتلفيق الإتهامات لهم بتكدير السلم العام ,وحمل مقذوفات وغيرها ,كما فى أحداث المقطم التى تم القبض فيها على 27 ناشط من على القهوة بتهمة نية إقتحام مكتب الإرشاد.
رابعًا ( قتل النشطاء )
حيث شهد عهد المعزول محمد مرسى قتل حوالى 217 ناشطًا , تراوحت أسباب الوفاة فيهم بين طلق نارى فى إشتباكات , من بينهم 49 قتيلًا فى أحداث بورسعيد الثانية ,و10 فى أحداث الإتحادية الدامى , وكذلك القتل فى كمائن المرور , والقتل الناتج عن حالات التعذيب.
وأشهر حوادث القتل , حادثة قتل الناشط محمد الجندى نتيجة تعذيبه من قبل أعضاء جماعة الإخوان المسلمين فى معسكر الجبل الأخضر , وقتل الناشط محمد كريستى فى أحداث الإتحادية برصاص رجال الشرطة.
خامسًا ( سحل المواطنيين فى الشوارع )
وأشهرها واقعة سحل المواطن حمادة صابر أمام قصر الإتحادية ,خلال إحدى التظاهرات التى تطالب بإسقاط نظام مرسى ,حيث قامت قوات الأمن بسحله وتجريده من ملابسه وانهالوا عليه بالضرب بالعصا .
الواقعة الثانية ,هى سحل أربعة من الشيعة بعد قتلهم وعلى رأسهم الشيخ حسن شحاتة على أيدى مجموعة من السلفيين المتطرفيين ,فى أحداث أبو النمرس ,فى مشهد لم يراه المجتمع المصرى إلا فى فترة رئاسة محمد مرسى .
سادسًا ( إعتقال الأطفال )
حيث رصد الحملة الشعبية لحماية الطفل أن حوالى 30% من المعتقلين فى عهد الرئيس المعزول مرسى من الأطفال بما يعادل حوالى 325 طفلًا من بينهم 147 طفل تعرضوا للتعذيب داخل السجن .
ومن أشهر حوادث إعتقال الأطفال , إعتقال الطفل محمود عادل المصاب بالسرطان من إحدى التظاهرات بالأسكندرية ,ورفض النيابة إخلاء سبيله لظروفه المرضية مما أدى لتدهور حالته الصحية ,ولم يتم الإفراج عنه إلا بعد خمسة أيام من الحبس.
سابعًا ( المحاكمات العسكرية للمدنيين )
شهد عهد الرئيس مرسى محاكمة المدنيين عسكريا ,على الرغم من وعوده فى بداية فترته الرئاسية بإيقاف محاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية ,إلا أن الدستور جاء ليعطى القوات المسلحة الحق فى محاكمة المدنيين عسكريا فى الشئون التى تخص القوات المسلحة ,فشهدت مصر فى عهد الرئيس مرسى أشهر قضايا المحاكمات عسكرية ,وهى محاكمة الصحفى محمد صبرى عسكريا بتهمة التواجد فى منطقة عسكرية محظورة وتصويرها ,وذلك أثناء قيامه بعمل تقرير صحفى عن قرار الفريق السيسى بحظر التملك فى المناطق الحدودية .
القضية الثانية هى محاكمة 26 من اهالى جزيرة القرصاية عسكريا ,بسبب أرض الجزيرة المتنازع عليها بين الجيش والأهالى ,حيث قامت القوات المسلحة بمهاجمة الجزيرة وقتل أحد سكانها والقبض على 26 من أهلها ,حصلوا على البراءة بعد شهرين من الإحتجاز داخل أحد السجون العسكرية .
ثامنًا ( فض الإعتصامات بالقوة )
أشهرها ,قيام أنصار جماعة الإخوان المسلمين بالإعتداء على إعتصام المعارضة أمام قصر الإتحادية فى أحداث الإتحادية الدامية فى 6 ديسمبر 2012 ,والتى راح ضحيتها 11 قتيل و896 مصاب .
وكذلك إعتداء أنصار الجماعة على عدد من النشطاء الذين قاموا برسم الجرافيتى أمام مكتب الإرشاد ,وقيامهم بفض التظاهرة بالقوة .
كما تعرض إعتصام التحرير أكثر من مرة لمحاولات فض عن طريق رجال الشرطة ,أو مجهولون يطلقون رصاص الخرطوش على المعتصمين ,مما أسفر عن إصابات بالعشرات .
تاسعًا ( عودة زوار الفجر)
وتتمثل عودتهم فى قضية "البلاك بلوك" ,حيث تم القبض على ثمانية من النشطاء فجر يوم جمعة "تطهير القضاء" بتهمة إنتمائهم ل "البلاك بلوك" ,وتم القبض عليهم على طريقة أمن الدولة فى ترويع أسرهم وضربهم وسحلهم ,والأحراز التى جموعها فى النهاية تتمثل "قطعة قماش سوداء أو قناع أسود,وتم الإفراج عن المعتقلين بعد قضاء 41 يوم فى السجن يتم تعذيبهم فيهم .
عاشرًا ( إختطاف النشطاء )
ففى عهد المعزول مرسى ,تم إختطاف أكثر من 30 ناشط ,من بينهم الناشط محمد الدسوقى والناشطة كاريمان الشريف,حيث يتم إختطافهم من داخل مقرات إعتصامهم أو خلال المسيرات ,وتعذيبهم فى أماكن مجهولة ,ثم يتم العثور عليهم فى أماكن مجهولة أيضا .
وأبرز هذه الحوادث إختطاف صحفى موقع مصراوى محمد الصاوى وتعذيبه على أيدى مجهولين ,وبعدها قاموا بإلقائه فى طريق مصر